Escobedo pertenecía a una familia hidalga y se trasladó a Madrid en su juventud para entrar al servicio de Ruy Gómez de Silva, príncipe de Éboli, a través del cual se introdujo en la Corte y trabó amistad con el futuro secretario de Felipe II, Antonio Pérez y por mediación de este último, obtuvo diversos cargos burocráticos cortesanos lo que le proporcionó un elevado prestigio.
Gracias a Ruy Gómez de Silva en 1574 Juan de Escobedo fue nombrado secretario de Juan de Austria, para que mantuviese informado a Felipe II y al de Éboli de las actividades del hermanastro del rey y desempeñó un doble juego de espionaje e intrigas, puesto que por un lado cumplió las órdenes que le habían sido encomendadas, pero por otro defendió y alentó las aspiraciones de Juan de Austria respecto de Inglaterra y Flandes.
Tras el nombramiento en 1576 de Juan de Austria como gobernador de Flandes, este envió a Escobedo a Madrid para que solicitara por él ante la Corte, dinero, armas e instrucciones para sus proyectos sobre la obtención del trono inglés mediante un matrimonio con María Estuardo.
En el transcurso de sus gestiones, Escobedo tuvo conocimiento de los negocios ilícitos que mantenían Antonio Pérez y Ana Mendoza de la Cerda, princesa de Éboli, sobre la venta de secretos de Estado, cargos públicos y dignidades eclesiásticas. Al parecer Escobedo, para garantizar la posición favorable a sus pretensiones de Antonio Pérez ante el rey, amenazó a este con ofrecer la información obtenida a Felipe II.
Para evitar el chantaje, Antonio Pérez se valió de su ascendiente sobre el monarca para convencer a Felipe II de que Escobedo había sido el instigador de todos los supuestos proyectos de traición de Juan de Austria, y de la necesidad de eliminarle. Los historiadores no se manifiestan unánimes acerca de si Felipe II intervino en la muerte de Escobedo, autorizando a Pérez a organizar su asesinato.
Antonio Pérez intentó en tres ocasiones acabar con la vida de Escobedo mediante el envenenamiento, pero ante los sucesivos fracasos encargó a seis de sus criados que le dieran muerte, orden que ejecutaron una noche, cuando regresaba de la residencia de la princesa de Éboli, con la que algunos historiadores opinan que mantenía relaciones amorosas.
La familia de Escobedo, inició un proceso judicial para esclarecer los hechos y probar la culpabilidad de Antonio Pérez, a quien popularmente se señaló como responsable del crimen. Sin embargo, los alcaldes de casa y Corte no llevaron a cabo ninguna gestión sobre el caso, hasta que en julio de 1579, después de la muerte de Juan de Austria, Felipe II tuvo noticia de las intrigas de su secretario y ordenó su detención.
El proceso contra Pérez se incoó en 1582, pero hasta 1584 no se presentaron los cargos, entre los que no se incluyó el asunto del asesinato de Escobedo.
Un año después, Antonio Pérez fue sometido a tormento y confesó su culpabilidad en el caso, aunque acusando al monarca de haber participado con su autorización, siendo condenado a muerte por asesinato; sin embargo, el proceso se interrumpió con la huida del reo al reino de Aragón y posteriormente a Francia e Inglaterra.
Sus maquinaciones contra Felipe II en el extranjero ayudaron a forjar la “leyenda negra española”.
