Tras la muerte de su padre en 1515, Francisco se orientó hacia la carrera eclesiástica y el cultivo de las humanidades y en 1525, trabó amistad con Ignacio de Loyola e hizo votos de castidad y pobreza consagrándose al apostolado.
En 1537 viaja a Roma para obtener la bendición papal antes de iniciar su peregrinación a Tierra Santa y durante su estancia en la Santa Sede, gestiona, junto a Ignacio de Loyola, la fundación de la Compañía de Jesús, a la que el Papa concedió su aprobación en 1539.
Pero ese mismo año, Ignacio de Loyola tuvo noticia de que Juan III de Portugal solicitaba misioneros para evangelizar las Indias Orientales y encomendó la tarea a Francisco Javier, quien en marzo de 1540 partió como legado pontificio, para las tierras al este del Cabo de Buena Esperanza.
Iniciado el viaje en abril de 1541, arribó a Goa, capital portuguesa en la India, donde fundó el colegio-seminario de Santa Fe y tras una estancia en Malaca, dedicada a reorganizar las misiones, marchó a evangelizar Japón, adonde llegó en 1549, desembarcando en Kagoshima y permaneciendo en tierras japonesas durante más de dos años.
En colaboración con su compañero Pablo de Santa Fe, evangelizó por tierras niponas e hizo traducir la obra “Declaración de los artículos de la Fe”, que se aprendió de memoria en japonés y que solía recitar en las esquinas, valiéndose de un intérprete para responder a las preguntas de los transeúntes
Ante el fracaso de la misión, pensó en convertir al rey de aquella zona con la esperanza de que si se convertía al catolicismo, el pueblo también lo haría, resultando igualmente infructuoso su intento, aunque logra fundar una pequeña comunidad cristiana en Hirado e intentó, sin conseguirlo, ser recibido por el emperador de Japón.
Ante las escasas conversiones logradas, se persuadió de que para obtener éxito en su empresa era necesario evangelizar primero China, puesto que consideraba que los japoneses habían asimilado la cultura de este imperio y que el ejemplo de su cristianización ejercería una influencia decisiva sobre Japón.
Para ello regresó a Goa en 1551, donde empezó a organizar su viaje a China, dificultado por la prohibición de la entrada de extranjeros en aquel país, hasta que finalmente partió con una embajada portuguesa en abril de 1552, pero tuvo que detenerse en Malaca ya que el gobernador Álvaro de Ataide se opuso al proyecto.
Finalmente reemprendió el viaje hasta llegar a la isla de Sancián, donde le sobrevino la muerte antes de que llegara el junco chino que debía transportarlo a Cantón.
Sus restos fueron trasladados a Goa en 1554, donde su culto se extendió rápidamente y a comienzos del siglo XVII se inició su proceso de beatificación, siendo canonizado por el papa Gregorio XV, juntamente con Teresa de Jesús e Ignacio de Loyola.
El papa Pío X le declaró patrono de la Sagrada Congregación de Propaganda Fide en 1904 y Pío XI patrón de todas las misiones en 1927.
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